Entre las actividades que anualmente organiza la Confraternidad de Hermandades y Cofradías de la Vera Cruz destaca poderosamente la Peregrinación Nacional de Hermandades y Cofradías de la Vera Cruz, tanto por su repercusión como, sobre todo, porque alrededor de ella confluyen los principales fines de la Confraternidad. En efecto, en las Peregrinaciones Nacionales se promueve la devoción a la Santa y Vera Cruz, se establecen vínculos de unión entre las hermandades y cofradías, se promueve la vida espiritual de las hermandades y suponen, también, palanca de impulso para la reorganización y creación de nuevas hermandades de la Vera Cruz.

La relación de Peregrinaciones Nacionales celebradas hasta la fecha es la siguiente:

- 2016 Cádiz
2015 Arjonilla (Jaén)
2014
 Mairena del Alcor (Sevilla)
2013 Málaga
2012 Vilches (Jaén)
2011 Brenes (Sevilla)
2010 Jerez de los Caballeros (Badajoz)
2009 Alhaurín el Grande (Málaga)
2008 Zamora
2007 Jerez de la Frontera (Cádiz)
2006
 Gijón (Asturias)   
2005
 El Puerto de Santa María (Cádiz)
2004 Salamanca
2003 Ronda (Málaga)
2002 Palencia
2001 Aguilar de la Frontera (Córdoba)
2000 Caravaca de la Cruz (Murcia)
- 1999 Briviesca (Burgos)
- 1998 Sevilla
- 1997 Lebrija (Sevilla)
- 1996 Caravaca de la Cruz (Murcia)
- 1995 Madrid
- 1994 Utrera (Sevilla)
- 1993 Higuera la Real (Badajoz)
- 1992 Posadas (Córdoba)
- 1991 Rute (Córdoba)
- 1990 Baeza (Jaén)
- 1989 Tocina (Sevilla)
- 1988 Alhaurín el Grande (Málaga)
- 1987 Pilas (Sevilla)
- 1986 Alcalá del Río (Sevilla)
- 1985 Dos Hermanas (Sevilla)
- 1984 Villanueva del Ariscal (Sevilla)

Las hermandades interesadas en celebrar Peregrinación Nacional de Hermandades y Cofradías de la Vera Cruz deberán comunicar su propósito a la Junta Ejecutiva de la Confraternidad, presentando un proyecto al efecto, siendo posteriormente el Pleno de Hermanos Mayores el órgano que designa la sede entre las candidaturas presentadas.